伴隨著貨代企業經營模式的改變和計算機技術的發展，貨運軟件逐漸向管理集成、網絡化、外向化、數據接口多樣化方向發展。

綜合管理

貨運軟件從最初的制單功能逐漸發展到文件綜合管理和多功能輸出(打印、傳真、電子郵件、MSN、存儲文件、批量輸出)、貨物狀態管理、收付費用管理、結算管理、發票管理、會計管理等。；從輸出最基本的數據統計報表到數據圖形化報表、智能報表、輔助決策分析等。；從業務管理到行政管理(OA)、客服(EB)等功能。貨運軟件集成功能越來越多，模塊功能越來越細。它還提高了貨運軟件供應商的進入門檻。成熟的貨運軟件供應商提供的貨運軟件業務流程流暢，功能細致，人性化。

網絡化

由于貨代公司逐漸向集團化發展，對軟件提出了數據集中和分布管理的要求。也就是說，要求數據集中在同一個服務器中存儲，要求各個分支機構能夠獨立管理數據。當然，這對服務器和帶寬的要求也很高。此外，網絡化還體現在一些數據可以隨時在網上查詢，方便公司經理或人員出差時管理數據。隨著SaaS模式的出現和國內帶寬成本高、政府和微軟反盜版決心的增強，SaaS模式的貨運軟件將成為中小企業的最佳選擇。

外向型(信息交互)

貨運軟件逐漸從單一解決企業內部業務向整個物流供應鏈各環節的信息交互轉變，建立行業社區環境。例如，與工廠外貿公司、外貿工廠、船公司、航空公司、保險、銀行、車隊、報關銀行、貨代同行、倉儲公司等進行信息互動。同時，貨運軟件廠商試圖打破原有軟件廠商之間數據無法互動的局面，建立軟件聯盟，通過整合建立統一的數據接口，確保聯盟內的軟件用戶能夠實現數據對接，從而誕生數據物流等新的服務。